比較顯微鏡作為特種光學顯微鏡，它的綜合、新穎的性能是其他單一用途光學顯微鏡無法比擬的，已成為光學顯微鏡家族的新秀，受到越來越多的科研人員和有關專業(yè)技術人員的青睞，在各個領域中得到廣泛的運用。

　　物理學方面：

　　比較顯微鏡可用于：①三束材料改性研究;②分子動態(tài)及穩(wěn)定狀態(tài)的分析;③人工微結構與介質物理研究;④品體薄膜，生物膜和膜生物工程研究;⑤表面物理現(xiàn)象的研究;⑥凝聚態(tài)物理，固體微生物結構物理及內耗與固體缺隱的研究等等。

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　　化學方面：

　　比較顯微鏡可用于：①晶體化學研究;②高分子材料結構和性能的分析;③碳纖維及復合材料的結構形態(tài)分析;④工業(yè)添加劑、催化劑、固化劑的研究;⑤染料、表面活性劑、精細化工合成研究;⑥無機物質性能結構、雜質含量的分析;⑦配位化學研究;⑧油田巖芯和石油制品性能結構的研究和成分分析;⑨酶工程和生化微生物研究;⑩新能源材料、煤化工和的研究;?光電子薄膜材料器件與技術的研究等等。

　　冶金和機械加工方面：

　　比較顯微鏡可用于：①有色金屬冶金及成分分析;②金屬材料及表面強化研究;③鋼鐵材料斷口分析;④高強度、耐高溫金屬材料及超導材料的研究;⑤金屬材料的金相分析;⑥金屬材料、精密合金材料的熱處理、焊接、鍛壓、鑄造等工藝研究;⑦材料失效和防腐研究;⑧固體電解質冶金測試和分析等等。

　　硅酸鹽和建材方面：

　　比較顯微鏡可用于：①各種陶瓷、玻璃、云母、石墨、人造金剛石及新型建筑材料的性能結構和工藝研究及成分分析;②無機非金屬材料、阻燃材料、超硬材料、稀土材料和混凝土材料研究和結構分析;③固體廢物新技術研究，電力工業(yè)耐磨材料、耐高壓材料研究等等。

　　醫(yī)藥衛(wèi)生、生物學方面：

　　比較顯微鏡可用于：①生物醫(yī)學工程研究;②分子生物學、分子遺傳學及用遺傳工程研究;③海洋生物學、細胞生物學、微生物藥學、生物物理學研究;④藥物化學、生物化學、藥物分析學的研究;⑤人工合成蛋白質研究;⑥癌癥發(fā)病機理的研究及早期診斷;⑦計劃生育和節(jié)育藥物的研究;⑧病毒及干擾素方面的研究以及臨床診斷等;⑨YY植物資源開發(fā)研究;⑩腫瘤、皮膚病、血液病、性病、艾滋病FZ研究;?天然藥物及仿生藥物的研究;?遺傳和基因工程研究;?醫(yī)學檢驗和醫(yī)學檢測;?運動醫(yī)學、美容醫(yī)學、磁生物、血紅蛋白及生物活性物質研究等等。

　　輕紡工業(yè)方面：

　　比較顯微鏡可用于：①羊毛纖維、紙張、印刷和糧食的質量評定;②合成纖維性能的研究、感光膠片乳劑的研究;③制漿、造紙工程、發(fā)酵工程研究;④高分子材料成型加工分析;紡織復合材料研究;⑤膜分離工程研究;⑥激光加工研究等等。

　　航空和空間技術方面：

　　比較顯微鏡可用于：①航空和宇航材料的研究;②高空生物和太空生物的研究;③宇宙物質的研究分析等。

　　農(nóng)林畜牧方面：

　　比較顯微鏡可用于：①植物遺傳育種;②果樹、蔬菜、觀賞園藝、農(nóng)業(yè)經(jīng)濟作物、食用菌、植物保護、農(nóng)業(yè)昆蟲、植物病理、植物檢疫研究;③動物遺傳育種、獸醫(yī)、中獸醫(yī)、動物檢疫和實驗動物研究;④生物技術、微生物學和植物營養(yǎng)研究、分析;⑤植物生理與生物化學研究;⑥動物解剖、組織學與胚胎學研究;⑦獸醫(yī)微生物學免疫學及傳染病學研究;⑧水土保持和沙漠治理研究;⑨雜交水稻、雜交小麥和食用菌研究;⑩水產(chǎn)養(yǎng)殖技術研究。

　　地質和考古方面：

　　比較顯微鏡可用于：①地質古生物研究;②地層的研究、分析、識別;③礦石的分析研究;④化石、古尸、古瓷及各種出土文物的分析研究;⑤文物古董的真?zhèn)舞b別等;古籍整理研究和分析。

　　電子元件方面：

　　比較顯微鏡可用于：①各種半導體器件，如超大規(guī)模集成電路的失效分析和性能檢察;②硅單晶等各種半導體材料性能的分析研究;③各種開關、電位器、接插件的可靠性研究及耐久性分析;④錄音磁帶、磁場晶形的分析檢查;⑤微電子材料與元器件分析研究等。

　　環(huán)境保護方面：

　　比較顯微鏡可用于：①大氣或水中的固體粉塵、微粒的分析研究和粒度測定;②海洋及江河湖泊油污染分析和水文檢測。

　　法學方面：

　　比較顯微鏡是國家刑偵技術、檢察技術和法醫(yī)鑒定的主要科學技術手段，在司法鑒定技術領域得到廣泛的運用，同時在法律古籍整理上，也是有效的輔助手段。

　　在國家有關企事業(yè)單位、行政或執(zhí)法部門中，比較顯微鏡也得到廣泛的使用，如國家的衛(wèi)生防疫、藥品檢驗、食品衛(wèi)生檢測、動植物檢疫、白蟻FZ、海關、邊防檢察、商品檢驗、金融反假、郵政、稅務、質量技術監(jiān)督、環(huán)境監(jiān)測、種子質量檢查和黃金、珠寶、玉石等品質鑒定等。除此之外，比較顯微鏡還有著更廣泛的應用。