活菌計數(shù)法又被叫做間接計數(shù)法?；罹嫈?shù)法是將定量的試驗(yàn)菌加入到一定濃度的定量藥物內(nèi)，經(jīng)過培養(yǎng)一定的時間后，取樣進(jìn)行活菌計數(shù)。活菌計數(shù)是在瓊脂培養(yǎng)基中加入定量的藥物與試驗(yàn)菌作用后的混合液稀釋后的溶液，制成平板，培養(yǎng)后數(shù)平板上形成的菌落數(shù) 。間接計數(shù)法測得的僅是死、活菌總數(shù)，而這類方法所得的數(shù)值往往小于直接計數(shù)法測得的數(shù)值。

活菌計數(shù)法一般有平板菌落計數(shù)、液體稀擇Zda或然數(shù)法（ most probable number, MPN）測數(shù)、薄膜過濾計數(shù)法。

平板菌落計數(shù)

這種方法是指在適宜的培養(yǎng)基中，每一個分散的活細(xì)胞都具有生成繁殖并能形成一個菌落的能力。所以待測樣品所含的活菌數(shù)就是菌落數(shù)。10 倍系列稀釋單細(xì)胞微生物待測液后，在瓊脂平板培養(yǎng)基上接種一定濃度的定量稀釋液培養(yǎng)，稀釋液中含有的活細(xì)胞數(shù)就是長出的菌落數(shù)，供測樣品中的活細(xì)胞數(shù)就能夠被計算出來。然而，應(yīng)該留意的是，因?yàn)楦鞣N原因，平板上的單個菌落可能并不是由一個菌體細(xì)胞形成的，所以在對單位樣品含菌數(shù)進(jìn)行表達(dá)時，可以使用單位樣品中形成菌藩單位來表示，即CFU/ml 或CFU/g(CFU 即colony-forming unit ）。

液體稀擇Zda或然數(shù)法（ MPN）測數(shù)

獲取單細(xì)胞微生物懸液定量（ 1 ml），使用培養(yǎng)液作定量10 倍系列稀釋，重復(fù)3 ～5 次，將不同稀釋度的系列稀釋管置適宣溫度下培養(yǎng)，以稀釋度合適為前提。在菌濃度相對較高的稀釋管內(nèi)均出現(xiàn)菌生長，而自某個稀釋度較高的稀釋管開始至稀釋度更高的稀釋管中均不出現(xiàn)菌生長，按稀釋度自低到高的順序，把Z后3 個稀釋度相對較高的、出現(xiàn)菌生長的稀釋管之稀釋度稱為臨界級數(shù)。由3 ～5 次重復(fù)的連續(xù)三級臨界級數(shù)族得指數(shù)，查相應(yīng)重復(fù)的Zda或然數(shù)表求得Zda可能數(shù)，再乘以出現(xiàn)生長的臨界級數(shù)的Zdi稀釋度，即可測得比較可靠的樣品活菌濃度。 

薄膜過濾計數(shù)法

在對于水與空氣中的活菌數(shù)量進(jìn)行測定時，因?yàn)楹鷿舛鹊停涂梢韵韧ㄟ^微孔薄膜（如硝化纖維薄膜）過濾濃縮待測樣品（一定體積的水或空氣），然后在適當(dāng)?shù)墓腆w培養(yǎng)基上培養(yǎng)漉膜，長出菌落后即可計數(shù)。