凝膠電泳儀的用途一般是分析，然而其還能夠用來制備。在采用聚合酶鏈式反應(yīng)(PCR)、DNA測序或者免疫印跡、克隆技術(shù)、質(zhì)譜MS之前先對分子部分提純。

原理

支撐物為凝膠(如聚丙烯酰胺凝膠、瓊脂糖凝膠等)的區(qū)帶電泳。

使用方法

該技術(shù)不但操作步驟簡單和速度快，還能夠?qū)τ闷渌椒ǎㄈ缑芏忍荻入x心法）所無法分離的DNA片段進行分辨。當用低濃度的熒光嵌入染料溴化乙啶(Ethidium bromide, EB)染色,,在紫外光下至少能夠?qū)?-10ng的DNA條帶檢出，從而能夠使得DNA片段在凝膠中的位置確定。除此以外，其還能將特定的DNA條帶從電泳后的凝膠中回收，在之后的克隆技術(shù)操作中使用。

電泳分類

根據(jù)支持物的物理性狀不同,可以將電泳分為

(1)凝膠電泳:如瓊脂,瓊脂糖,硅膠,淀粉膠,聚丙烯酰胺凝膠電泳

(2)緣線電泳:如尼龍絲,人造絲電泳

(3)紙電泳：濾紙為支持物的紙電泳

(4)粉末電泳: 如纖維素粉,淀粉,玻璃粉電泳

影響因素

瓊脂糖主要在DNA制備電泳中作為一種固體支持基質(zhì),其密度取決于瓊脂糖的濃度。在電場中,在中性pH值下帶負電荷的DNA向陽極遷移,其遷移速率由下列多種因素決定:

1、 電源電壓

在低電壓時,線狀DNA片段的遷移速率與所加電壓成正比。隨著電場強度的增加，不同分子量的DNA片段的遷移率將以不同的幅度增長,片段越大,因場強升高引起的遷移率升高幅度也越大,因此電壓增加，瓊脂糖凝膠的有效分離范圍將縮小。要使大于2kb的DNA片段有效分離所加電壓不得超過5V/cm。

2、嵌入染料的存在

瓊脂糖凝膠中的DNA可以使用熒光染料溴化乙啶來檢測，染料會在堆積的堿基對之間嵌著，增強了其強性還會降低線狀DNA遷移率。

3、離子強度影響

DNA的電泳遷移率受到　電泳緩沖液的組成及其離子強度影響。在離子不存在時(如誤用蒸餾水配制凝膠),電導率Z小,DNA幾乎不移動,在高離子強度的緩沖液中(如誤加10×電泳緩沖液),有很高的熱傳導性并且產(chǎn)熱明顯，如果嚴重舊貨導致凝膠熔化或DNA變性。對于天然的雙鏈DNA,TAE[含EDTA (pH8.0)和Tris-乙酸],TBE(Tris-硼酸和EDTA),TPE(Tris-磷酸和EDTA為常用的幾種電泳緩沖液，通常將其配制成濃縮母液,在室溫下儲存。

4、 瓊脂糖濃度

一個給定大小的線狀DNA分子,在不同濃度的瓊脂糖凝膠中其遷移速度各不相同。DNA電泳遷移率的對數(shù)與凝膠濃度成線性關(guān)系。DNA分子的大小決定了凝膠濃度的選擇。分離大于10kb的DNA分子所需膠濃度為0.3-0.7%,分離小于0.5kb的DNA片段所需膠濃度是1.2-1.5%, DNA片段大小間于兩者之間則所需膠濃度為0.8-1.0%。

5、DNA分子的構(gòu)象

當DNA分子處于不同構(gòu)象時,，它在電場中移動距離不僅受到分子量的影響，而且受到它本身構(gòu)象的影響。在瓊脂糖凝膠中，在瓊脂糖凝膠中的移動速度各不相同，開環(huán)雙鏈DNA移動Z慢，而超螺旋DNA移動Z快。

6、 DNA的分子大小

在一定濃度瓊脂糖凝膠中線狀雙鏈DNA分子的遷移速率與DNA分子量對數(shù)成反比，分子越大就會受到越大的阻力，在凝膠孔隙中蠕行也就變得越困難，所以遷移得越慢。