在存在NaHCO3或Na2CO3的二氧六環(huán)溶液中，通過以下反應(yīng)在氨基酸中引入Fmoc―氨基酸的側(cè)鏈保護(hù)基團(tuán)。若Fmoc-氨基酸的側(cè)鏈保護(hù)基在酸性條件下脫除，在堿性條件下穩(wěn)定，則Fmoc-氨基酸的側(cè)鏈保護(hù)基比較理想。

1.His

Z容易發(fā)生消旋化的氨基酸就是His，必須對其加以保護(hù)。

2.Cys

Cys的－SH的親核性非常強(qiáng)，非常容易被氧化為二硫鍵，亦非常容易被酰化成硫醚，因此必須對其加以保護(hù)。常用的保護(hù)基可分為三類，一類，能夠使用TFA脫除；二類其對于TFA穩(wěn)定，能夠使用(CF3CO)3T1／TFA脫除；三類其對弱酸穩(wěn)定，可用Na/NH3(1)脫保護(hù)Cys(Bzl)，可用巰基試劑和磷試劑進(jìn)行還原。

3.Arg

Arg的胍基的強(qiáng)親核性和堿性均非常的強(qiáng)，必須對其加以保護(hù)。對于三個氮都加以保護(hù)為比較理想的狀態(tài)，實(shí)際上對1或2個胍基氮原子進(jìn)行保護(hù)，保護(hù)基包括三苯甲基、磺酰基、烷氧羰基以及硝基四類。

4.Lys

必須對Lys的ε-NH2加以保護(hù)，然而其應(yīng)不同于α－NH2的保護(hù)方式。需要在完成肽鏈合成后再將該保護(hù)基除去。ε－NH2的保護(hù)無消旋問題，可以采用?；Ｗo(hù)基，其它常用的保護(hù)基有芐氧碳基和Boc.

5.Asp和Glu

一般使用TFA、TMSBr等來將Asp和Glu側(cè)鏈羧基脫除，而使用t-Bu來對Asp和Glu側(cè)鏈羧基進(jìn)行保護(hù)。然而盡管有t-Bu保護(hù)，依然會發(fā)生側(cè)鏈環(huán)化形成酰亞胺的副反應(yīng)。這些年以來，如環(huán)烷醇酯、金剛烷醇酯等一些新的保護(hù)基被發(fā)展出來，它們能夠使這一副反應(yīng)減輕，能夠使用TMSOTf(三氟甲磺酸三甲硅烷酯)除去這些保護(hù)基。

6.Ser、Thr和Tyr

一般使用t-Bu來對ser、Thr的羥基及Tyr的酚羥基進(jìn)行保護(hù)，引入叔丁基麻煩不清。首先將ser制成芐氧羰基酯，然后再利用酸進(jìn)行催化和異丁烯反應(yīng)。能夠使用芐基來保護(hù)Ser和Thr。在芐基中使用溴芐將Thr引入，使用芐醇將Ser引入。

7.Asn和Gln

在肽合成中，通常沒有必要對Asn和Gln側(cè)鏈的酰胺鍵進(jìn)行保護(hù)，然而，在合成大肽的時候，Asn和Gln的α-羧基活化時可能會發(fā)生分子內(nèi)脫氫反應(yīng)使得氰基化合物生成，若ph環(huán)境為堿性，酰胺會由Gln的側(cè)鏈環(huán)化而成，并且在DCM中不保護(hù)的Fmoc-Gln和Fmoc-Asn具有非常差的溶解度?？梢允褂糜?-咕噸基，2，4，6-三甲氧芐基，4，4′―二甲氧二苯甲基或三苯甲基等保護(hù)來使這些問題得以避免。可以使用TFA將這些基因全部除去。