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2025-01-10 10:49:50分析超速離心方法: 分析超速離心方法是一種基于物質(zhì)沉降系數(shù)差異進(jìn)行分離的技術(shù)。它利用強(qiáng)大的離心力場，使樣品中不同沉降系數(shù)的顆粒在離心場中沉降速度不同，從而實(shí)現(xiàn)分離。該方法常用于生物大分子如蛋白質(zhì)、核酸等的純化與分析，也適用于病毒、細(xì)胞器等顆粒的分離。其特點(diǎn)包括分辨率高、操作簡便、適用范圍廣等。

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三種不同的分析超速離心方法用于病毒載體表征

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2023-07-26
分析超速離心方法

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分析超速離心方法問答

2023-02-23 17:08:16分析型超速離心（AUC）文獻(xiàn)快報(bào)-2月刊: Development of a SARS-CoV-2 Vaccine Candidate Using Plant-Based Manufacturing and a Tobacco Mosaic Virus-like Nano-Particle使用基于植物制造和煙草花葉病毒樣納米顆粒開發(fā)SARS-CoV-2候選疫苗發(fā)表日期：17 November 2021DOI：https://doi.org/10.3390/vaccines9111347摘要：穩(wěn)定、有效、易于制造的疫苗對于阻止由冠狀病毒 SARS-CoV-2 引起的 COVID-19 大流行至關(guān)重要。我們構(gòu)建了一種候選疫苗 CoV-RBD121-NP，它由刺突糖蛋白 (S) 的 SARS-CoV-2 受體結(jié)合域 (RBD) 與人 IgG1 Fc 域 (CoV-RBD121) 融合并結(jié)合到改良的煙草花葉病毒 (TMV) 納米顆粒上。在體外，CoV-RBD121與宿主病毒受體ACE2和單克隆抗體 CR3022 結(jié)合，CR3022 是一種阻斷S與 ACE2 結(jié)合的中和抗體。CoV-RBD121-NP候選疫苗保留了關(guān)鍵的SARS-CoV-2刺突蛋白表位，具有一致的安全性、一致性和強(qiáng)度，并且在 2–8°C 或 22–28°C下儲存 12 個(gè)月時(shí)顯示出穩(wěn)定的效力。免疫原性研究表明，在使用非佐劑或佐劑 (7909 CpG)后，C57BL/6小鼠產(chǎn)生了強(qiáng)烈的抗體反應(yīng)。非佐劑疫苗誘導(dǎo)了平衡的 Th1/Th2 反應(yīng)和識別 SARS2-CoV-2 的 S1 結(jié)構(gòu)域和完整 S 蛋白的抗體，而佐劑疫苗誘導(dǎo)了 Th1 偏向反應(yīng)。佐劑和非佐劑疫苗均誘導(dǎo)病毒中和滴度，如通過三種不同的測定法所測量的?？偟膩碚f，這些數(shù)據(jù)表明，通過 SARS-CoV-2 RBD 與 TMV 樣納米顆粒的結(jié)合，可以生產(chǎn)穩(wěn)定的 COVID-19 候選疫苗。儀器型號：ProteomeLab XL-A 分析超速離心機(jī)、AN-50Ti轉(zhuǎn)子CoV-RBD121-NP 的物理特性(A)TMV Ntk病毒體和CoV-RBD121-NP（與抗原結(jié)合后的病毒體）的透射電子顯微鏡結(jié)果。黃色箭頭表示結(jié)合抗原的位置）。比例尺 = 200 納米。(B) CoV-RBD121-NP 在釋放時(shí)以及在 2–8 °C下儲存后1個(gè)月和3個(gè)月的大小分布。根據(jù)分析超速離心(AUC)后的曲線下面積計(jì)算分布。(C) CoV-RBD121-NP在2-8 °C或22-28 °C下儲存后6個(gè)月或12個(gè)月的尺寸分布?；贏UC分析的百分含量。AUC實(shí)驗(yàn)條件：將 TMV NtK 和結(jié)合疫苗稀釋至目標(biāo)濃度，并使用光程為12 mm的2通道樹脂中心件，將樣品加載到樣品池中。加載的樣品池被放置在AN-50Ti轉(zhuǎn)子中，并在Beckman-Coulter ProteomeLab XL-A 分析超速離心機(jī)中以 9000rpm 的速度分離。每 4 分鐘記錄一次掃描，持續(xù)4 小時(shí)（每個(gè)樣本 60 次掃描）。數(shù)據(jù)使用 SEDFIT (vs. 11.3) 軟件（美國國立衛(wèi)生研究院，貝塞斯達(dá)，馬里蘭州，美國）進(jìn)行分析。勾選f/f0 值擬合，以找到每個(gè)樣本數(shù)據(jù)最適合的擬合結(jié)果。使用的置信區(qū)間為0.683，勾選擬合time-invariant noise。使用 OriginLab Origin vs. 9.0.0（OriginLab, Northampton, MA, USA）繪制所得尺寸分布圖，并對峰積分。REFERENCERoyal JM, Simpson CA, McCormick AA, Phillips A, Hume S, Morton J, Shepherd J, Oh Y, Swope K, DeBeauchamp JL, Webby RJ, Cross RW, Borisevich V, Geisbert TW, Demarco JK, Bratcher B, Haydon H, Pogue GP. Development of a SARS-CoV-2 Vaccine Candidate Using Plant-Based Manufacturing and a Tobacco Mosaic Virus-like Nano-Particle. Vaccines (Basel). 2021 Nov 17;9(11):1347.Subunit Flexibility of Multimeric von Willebrand Factor/Factor VIII Complexes多聚血管性血友病因子/因子VIII復(fù)合物的亞基柔韌性作者：Ernest T. Parker, Sandra L. Haberichter, and Pete Lollar發(fā)表日期：25 August 2022DOI: https://doi.org/10.1021/acsomega.2c03389摘要：血管性血友病因子(VWF)是一種參與血小板粘附和聚集的血漿糖蛋白，是凝血因子VIII (blood coagulation factor VIII, fVIII)的載體。血漿VWF由多聚體組成，分子量從~ 0.55 MDa到10 MDa以上。VWF多聚物由一個(gè)可變數(shù)量的二硫連接~ 275 kDa的子基組成。本文在pH為7.4的條件下，用色譜法對血漿源性人VWF/fVIII配合物進(jìn)行分離，并對其進(jìn)行凝膠電泳、沉降速率法分析超離心(SV AUC)、動(dòng)態(tài)光散射(DLS)和多角度光散射(MALS)檢測。本研究結(jié)果與非流動(dòng)條件下VWF多聚物模型的結(jié)果一致，在非流動(dòng)條件下，多聚物具有顯著的靈活性。對于同源系列聚合物，如VWF多聚體的分布，分子質(zhì)量與回轉(zhuǎn)半徑、沉降系數(shù)或用擴(kuò)散系數(shù)作為大分子的診斷指標(biāo)構(gòu)象。目的：表征VWF多聚物型號：Beckman?Coulter XLI實(shí)驗(yàn)條件：20°C，上樣量400uL, 吸光度280nm, 使用sedfit進(jìn)行分析，置信區(qū)間設(shè)置0.68實(shí)驗(yàn)結(jié)果：圖1：sepacryl S-1000 VWF/FVIII樣品, 280 nm處從左到右的吸光度掃描原始數(shù)據(jù)圖2：c(s) 模型擬合后得數(shù)據(jù)，樣品1 (藍(lán)色), 9 (綠色), 13 (紅色)圖3：VWF/fVIII Complexes 的SV AUC數(shù)據(jù)匯總BibliographyParker, E.T., Heritier, S.L. and Lollar, P., 2022. Subunit flexibility of multimeric von Willebrand factor/factor VIII complexes. ACS omega, 7(35), pp.31183-31196.SV-AUC as a stability-indicating method for the characterization of mRNA-LNPsSV-AUC作為一種表征mRNA-LNPs穩(wěn)定性的可行方法發(fā)表日期：14 November 2022DOI:doi.org/10.1016/j.ejpb.2022.11.014摘要：在SARS-CoV2大流行期間，以包裹mRNA的脂質(zhì)納米顆粒(LNPs)形式生產(chǎn)的mRNA疫苗，開創(chuàng)了一個(gè)新的疫苗領(lǐng)域。對于LNPs大小和結(jié)構(gòu)變化進(jìn)行定量分析是至關(guān)重要的，因?yàn)檫@些參數(shù)的變化可能對疫苗的效價(jià)產(chǎn)生影響。本項(xiàng)研究中，我們使用分析超離心機(jī)，以沉降速度 (SV-AUC)的方法對mRNA-LNP疫苗在相關(guān)應(yīng)激因素(凍融、熱、機(jī)械應(yīng)力等)作用下的結(jié)構(gòu)變化進(jìn)行了穩(wěn)定性定量分析，同時(shí)對比了DLS的相關(guān)數(shù)據(jù)。DLS能夠準(zhǔn)確的對mRNA-LNPs的大小和均一性進(jìn)行表征。在壓力因素下，如凍融和機(jī)械應(yīng)力的作用下，DLS和SV-AUC都能檢測到顆粒粒徑和大顆粒物含量的增加。而50℃熱應(yīng)力的變化僅通過SV-AUC浮選的速率的變化被檢測到。此外，SV-AUC可以觀察到顆粒密度的變化，這是DLS無法檢測到的?？傊?，SV-AUC是一種很有價(jià)值的mRNA-LNPs穩(wěn)定性定量表征方法。目的：表征mRNA-LNPs的應(yīng)激穩(wěn)定性儀器型號：Optima AUC，AN-50 Ti轉(zhuǎn)子SV-AUC對mRNA-LNPs進(jìn)行表征數(shù)據(jù)不同應(yīng)激條件下，通過SV-AUC對主峰和高分子量峰1進(jìn)行量化。實(shí)驗(yàn)條件：20℃下，將樣品和buffer溶液放入帶藍(lán)寶石窗口的雙區(qū)中心件，在AN 50-Ti 轉(zhuǎn)子上以每分鐘 10,000 轉(zhuǎn)下進(jìn)行離心，檢測260 nm and 280 nm吸收峰，檢測間隔120 s，檢測間隔10 μm。使用UltraScan III對前95條數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，使用2DSA模型，對時(shí)間和徑向噪音進(jìn)行擬合。在最終的擬合計(jì)算中，使用CSA-SL-MC模型，選擇范圍：1 S到 200 S (主峰), 200 S到1200 S(高分子量峰1) ，1200 S到2000 S (高分子量峰2)。通過計(jì)算得到加權(quán)平均沉降系數(shù)和摩擦系數(shù)比(f/f0)，以及相對含量。REFERENCEE. Brookes, W. Cao, B. Demeler, A two-dimensional spectrum analysis for sedimentation velocity experiments of mixtures with heterogeneity in molecular weight and shape, Eur. Biophys. J. 39 (3) (2010) 405–414.

2023-01-14 16:40:20分析型超速離心（AUC）文獻(xiàn)快報(bào)-1月刊: Binding of the HSF?1 DNA?binding domain to multimeric C. elegans consensus HSEs is guided by cooperative interactionsHSF?1 DNA與C. elegans HSEs的結(jié)合作用研究發(fā)表日期：28 May 2022DOI：https://doi.org/10.1038/s41598-022-12736-x摘要：熱休克轉(zhuǎn)錄因子(HSF)是熱休克反應(yīng)(HSR)的重要轉(zhuǎn)錄激活因子，它激活HSR基因，如Hsp70，HSPs和HSP40s，并與熱休克要素(HSEs)結(jié)合誘導(dǎo)保守?zé)嵝菘说鞍咨险{(diào)。除了這些眾所周知的HSPs之外，在線蟲基因的啟動(dòng)子區(qū)域還發(fā)現(xiàn)了4000多個(gè)其他HSPs。線蟲的HSF-1是一種含有671個(gè)氨基酸的蛋白質(zhì)，像其他HSF蛋白一樣，HSF-1由 N端DNA結(jié)合域(DBD)，寡聚結(jié)構(gòu)域和羧基端調(diào)控結(jié)構(gòu)域組成。本文的目的是了解HSF-1如何與不同啟動(dòng)子相互作用，為此，作者純化了線蟲HSF-1 DBD，研究其與來自線蟲基因組的不同調(diào)控HSEs的相互作用。目的：使用沉降速率法分析型超速離心技術(shù)(SV-AUC)來確定HSF-1 DBD與HSEs結(jié)合的化學(xué)計(jì)量比、親和性。儀器型號：ProteomeLab XL-A實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)：圖1: 通過SV-AUC分析特定啟動(dòng)子與Hsf-1 DBD的相互作用。HSF-1 DBD以0 - 15倍的過量濃度滴定到每個(gè)啟動(dòng)子中。向右的移動(dòng)表示HSF-1 DBD與DNA結(jié)合。左圖為260 nm處測量的吸光度的Dc /dt，右圖為280 nm。使用的啟動(dòng)子分別為:(a) HSP-70;(b) HSP16.2a;(c) HSP16.2 b;(d) HSP-1;(e) DNJ-13;(f) UNC-23;(g) DNJ-12。表1：用于自定義網(wǎng)格擬合方法的參數(shù)。在這個(gè)模型中，HSE被嵌入到相同尺寸的探針中，S為沉降系數(shù)。表2：通過SV-AUC擬合計(jì)算KD值。沒有顏色=結(jié)合，橙色=弱結(jié)合，紅色=無結(jié)合。實(shí)驗(yàn)結(jié)果：在線蟲基因組中有4120個(gè)SHE，它們在起始密碼子上游500 bp處含有HSF-1結(jié)合區(qū)。令人驚訝的是，盡管有許多HSF-1調(diào)控基因，但典型的熱休克反應(yīng)僅對應(yīng)8個(gè)基因，其中7個(gè)由HSF-1結(jié)合啟動(dòng)子區(qū)域調(diào)控。因此，HSF-1的作用所產(chǎn)生的調(diào)控程度遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出了脅迫條件下應(yīng)激基因的誘導(dǎo)，在非脅迫條件下可以達(dá)到線蟲的正常生長周期。在較大的生物體中，這種方法能夠?qū)⒉煌呐上颠B接到不同的組織和發(fā)育狀態(tài)。AUC實(shí)驗(yàn)條件：未說明REFERENCESchmauder, L., Sima, S., Hadj, A.B., Cesar, R. and Richter, K., 2022. Binding of the HSF-1 DNA-binding domain to multimeric C. elegans consensus HSEs is guided by cooperative interactions. Scientific Reports, 12(1), pp.1-19.Atomic Structures of Coxsackievirus B5 Provide Key Information on Viral Evolution and Survival柯薩奇病毒B5原子分辨率結(jié)構(gòu)提供有關(guān)病毒進(jìn)化和生存的關(guān)鍵信息發(fā)表日期：20 April 2022DOI: https://doi.org/10.1128/jvi.00105-22摘要：柯薩奇病毒B5 (CVB5) 是人類腸道病毒B (EVB) 的主要血清型，可引起嬰兒和兒童的嚴(yán)重病毒性腦炎和無菌性腦膜炎。目前，尚無針對CVB5感染的獲批疫苗或抗病毒療法。在這里，我們確定了三種形式的CVB5原子分辨率結(jié)構(gòu)：成熟 (F) 粒子 (2.73 ?)（Full）、中間(A) 粒子 (2.81 ?)( intermediate) 和空衣殼(E)粒子 (2.95 ?) （empty）。CVB5的 F 粒子的結(jié)構(gòu)分析揭示了與其他 EV-B 相似的“canyon” “puff” 和“knob” 結(jié)構(gòu)。我們觀察到在從 F 粒子到 A 粒子的轉(zhuǎn)變過程中存在相似的結(jié)構(gòu)重排，表明所有 EV-B 共有相似抗原性、細(xì)胞進(jìn)入和脫殼機(jī)制。進(jìn)一步比較所有已知EV-B結(jié)構(gòu)和序列表明，雖然中和抗體靶向的殘基是多樣化的且推動(dòng)了EV-B的進(jìn)化，但脫殼受體識別的相對保守的殘基可以作為開發(fā)抗病毒疫苗的基礎(chǔ)和療法。IMPORTANCE：CVB5作為腸道病毒B的主要血清型之一，近年來被廣泛報(bào)道。此處顯示的 CVB5 原子分辨率結(jié)構(gòu)揭示了 EV-B 中發(fā)現(xiàn)的經(jīng)典特征以及粒子膨脹和脫殼過程中發(fā)生的結(jié)構(gòu)重排。此外，CVB5與其他結(jié)構(gòu)已知的EV-B之間基于結(jié)構(gòu)和序列的比較篩選出對病毒進(jìn)化和存活重要的關(guān)鍵域。所有這些都為 EV-B 的疫苗和治療方法的開發(fā)提供了見解。儀器型號：Beckman XL-I 分析超速離心機(jī)、貝克曼制備型超速離心機(jī)CVB5純化和結(jié)構(gòu)測定(a) 用于 CVB5 純化的蔗糖密度梯度濃度 (15%-45%)，如材料和方法中所述。觀察到兩條明顯的條帶，上條帶A260/A280吸收比為0.65，主要含E粒子，下條帶吸收比為1.83，主要含F(xiàn)粒子。(b) 分析超速離心 (AUC)。該樣品產(chǎn)生了兩個(gè)主要的峰，沉降系數(shù)分別為 80 S和143 S。AUC實(shí)驗(yàn)條件：在 20°C 條件下，在Beckman XL-I 分析超速離心機(jī)上進(jìn)行沉降速率實(shí)驗(yàn)。制備的高濃度樣品用 PBS 緩沖液 (pH 7.4) 稀釋至400 微升，在A280 nm處吸收約為 0.7，并進(jìn)一步加樣至到雙扇形石英樣品池中，然后放置于Beckman四孔 An-60Ti 轉(zhuǎn)子中。在 280 nm波長下以 8064 xg收集數(shù)據(jù)。最后使用SEDFIT軟件擬合干涉數(shù)據(jù) 。REFERENCEYang P, Shi D, Fu J, Zhang L, Chen R, Zheng B, Wang X, Xu S, Zhu L, Wang K. Atomic Structures of Coxsackievirus B5 Provide Key Information on Viral Evolution and Survival. J Virol. 2022 May 11;96(9):e0010522. doi: 10.1128/jvi.00105-22. Epub 2022 Apr 20. Erratum in: J Virol. 2022 Nov 23;96(22):e0157322.Nonclassical Recrystallization非典型晶體結(jié)晶發(fā)表日期：22 June 2020DOI:doi.org/10.1002/chem.202002873摘要：在材料科學(xué)和納米技術(shù)領(lǐng)域，對單分散系統(tǒng)中的納米顆粒的大小和形狀表征需求越來越多。到目前為止，沒有非常有效的方式可以依據(jù)納米顆粒的大小和形狀進(jìn)行純化。這里，我們使用一種絕對定量的高分辨率方法——分析型超速離心機(jī)(AUC)，是一個(gè)非常有效的從納米晶體到介觀晶體來生成納米晶體的方式，達(dá)到了迄今為止無人能及尺寸分布(PDIc=1.0001)和形狀。類似于分子積木的結(jié)晶，非經(jīng)典的再結(jié)晶去除了“膠體”雜質(zhì)(即納米顆粒，它們在形狀和大小上與大多數(shù)不同)，將它們組裝成一個(gè)介觀晶體。在這種情況下，由于介觀晶體既顯示了遠(yuǎn)距離排列順序以及較好的納米晶體取向，納米晶體可以大小和形狀選擇性進(jìn)行組裝。除了產(chǎn)生高度單分散的納米顆粒，這些發(fā)現(xiàn)提供了介觀晶體的結(jié)晶新思路。目的：用于表征納米晶體及其相應(yīng)的介觀晶體的摩擦系數(shù)比和沉積系數(shù)分布。儀器型號：Optima XL I環(huán)己烷納米晶體及其相應(yīng)的介觀晶體。a-d)從環(huán)己烷中分離純化出不同批次的納米顆粒沉積系數(shù)分布。批次II-IV含有大部分較大的“膠體”雜質(zhì)，而批次V含有較小的 “膠體”雜質(zhì)。所有不同的納米晶批次均可獲得介觀晶體。高度純化后得到單分散納米晶體。非擴(kuò)散修正g(s)包含高分辨率擴(kuò)散修正c (s)實(shí)驗(yàn)條件：未說明REFERENCEE. Brookes, W. Cao, B. Demeler, Eur. Biophys. J. 2010, 39, 405; b) B. Demeler, UltraScan version 4.0, release 2783. A Comprehensive Data Analysis Software Package for Analytical Ultracentrifugation Experiments. The University of Lethbridge, Department of Chemistry and Biochemistry.http://www.ultrascan3.aucsolutions.com/download.php

2022-12-08 14:47:12分析型超速離心（AUC）文獻(xiàn)快報(bào)-12月刊: Cyclization studies of Japanese encephalitis virus non-coding RNA terminal regions乙型腦炎病毒非編碼RNA末端區(qū)域的環(huán)化研究發(fā)表日期：February 2, 2022DOI：https://doi.org/10.1101/2022.02.01.478553摘要：許多黃病毒如登革熱病毒和西尼羅河病毒在其 5' 和 3' 末端區(qū)域 (TRs) 進(jìn)行必要的遠(yuǎn)程相互作用，由保守的互補(bǔ)環(huán)化序列介導(dǎo)。然而，我們?nèi)狈θ毡灸X炎病毒 (JEV) 的這種遠(yuǎn)程相互作用的深入了解。在這里，我們使用了涉及計(jì)算和生物物理工具的廣泛、多方面的方法。我們進(jìn)行了多角度光散射 (SEC-MALS) 來確定 JEV TR 的絕對分子量，它們的復(fù)合物得出結(jié)論它們形成 1:1 復(fù)合物，并使用分析超速離心 (AUC) 證實(shí)了這種相互作用。微型熱泳 (MST) 實(shí)驗(yàn)表明，JEV 的 5' 和 3' TR 與 nM 親和力相互作用，在沒有保守環(huán)化序列的情況下顯著降低。據(jù)我們所知，這是第一項(xiàng)代表應(yīng)用三種關(guān)鍵生物物理方法（AUC、MST 和 SEC-MALS）研究 RNA-RNA 相互作用的研究。此外，我們進(jìn)行了計(jì)算動(dòng)力學(xué)分析，證實(shí)了我們的 MST 研究表明環(huán)化序列在 RNA-RNA 相互作用中的重要作用。這種生物學(xué)關(guān)鍵事件的結(jié)合親和力是一個(gè)重要的藥理學(xué)特征，可以影響治療的潛在競爭性抑制。這一證據(jù)還可以影響旨在抑制保守黃病毒環(huán)化的藥物干預(yù)，從而中斷黃病毒家族的復(fù)制。儀器型號：Optima AUC 紫外(UV)檢測系統(tǒng)從沉降速率-分析超速離心獲得的 JEV 5' TR 和 3'TR 的沉降分布圖實(shí)驗(yàn)條件：JEV 5' TR 和 3' TR 的 AUC 沉降速度數(shù)據(jù)是使用 Beckman Optima AUC 離心機(jī)和 AN50-Ti 轉(zhuǎn)子在 20°C 下收集的。將 JEV 5'TR（214 nM，0.5 OD @260 nm）、JEV 3'TR（224 nM，0.5 OD @260 nm）和 JEV 5'TR 和 3'TR 樣品的 1:1 混合物加載到 2 通道Epon樹脂中心件。以每分鐘 25,000 轉(zhuǎn)的速度離心樣本，并以 20 秒的間隔收集掃描結(jié)果。使用 UltraScan-III 軟件包通過內(nèi)部超級計(jì)算機(jī)計(jì)算分析所有數(shù)據(jù)。我們使用二維頻譜分析 (2DSA) 分析 SV-AUC 數(shù)據(jù)，同時(shí)去除時(shí)變噪聲、彎液面和底部位置，然后進(jìn)行增強(qiáng)的 van Holde-Weischet 分析。我們用 UltraScan 估計(jì)了緩沖液密度和粘度校正（分別為 1.0269g/cm3 和 1.293 cP）。所有流體動(dòng)力學(xué)參數(shù)均在 20°C 和水條件下校正為標(biāo)準(zhǔn)條件。REFERENCETyler Mrozowich, Sean M. Park, Maria Waldl, Amy Henrickson, Corey R. Nelson, Borries Demeler, Ivo L. Hofacker, Michael T. Wolfinger, Trushar R. Patel Cyclization studies of Japanese encephalitis virus non-coding RNA terminal regions.bioRxiv 2022.02.01.478553Competitive inhibition of the classical complement pathway using exogenous single-chain C1q recognition proteins利用外源性單鏈C1q識別蛋白競爭性抑制經(jīng)典補(bǔ)體通路發(fā)表日期：January 12, 2022DOI: doi.org/10.1016/j.jbc.2022.102113摘要：補(bǔ)體亞基C1q是一種先天免疫系統(tǒng)的蛋白復(fù)合體，具有特征良好的免疫結(jié)合特性，是構(gòu)成經(jīng)典補(bǔ)體通路的重要部分。最近的研究發(fā)現(xiàn)不管是健康的還是神經(jīng)退行性疾病的大腦中，C1q在中樞神經(jīng)中具有突觸消除的作用。然而,c1q相關(guān)的突觸吞噬分子機(jī)制還不清楚。在這里，我們設(shè)計(jì)了單體和多聚體的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，包括球形頭部的小鼠C1q的識別部位(C1q球狀部分[gC1q]) 而缺乏膠原樣結(jié)構(gòu)的尾部的一條的單鏈分子(sc-gC1q蛋白)。這些在大腸桿菌表達(dá)系統(tǒng)中表達(dá)的分子能競爭性抑制C1q的功能，我們通過質(zhì)譜、分析型尺寸排阻色譜，分析型超速離心機(jī)，CD光譜，和ELISA等技術(shù)對其結(jié)構(gòu)和結(jié)合已知補(bǔ)體通路激活物的能力進(jìn)行表征。我們進(jìn)一步使用SPR技術(shù)分析了這些分子和免疫球蛋白、神經(jīng)元之間的相互作用。最終，我們發(fā)現(xiàn)sc-gC1qs能夠特異性的抑制C1q的活性。此外，sc-gC1qs與C1q相互競爭結(jié)合在胚胎神經(jīng)元細(xì)胞膜上。我們通過sc-gC1qs的體內(nèi)實(shí)驗(yàn)揭示了C1q在神經(jīng)元的定位和功能方面的作用，具有潛在的抑制劑治療的用途。目的：用于表征sc-gC1q蛋白的均一性和聚集狀態(tài)。儀器型號：Optima XL-1sc-gC1q(藍(lán)綠色)、sc-gC1q2(紫色)和sc-gC1q3(粉色) 在分析型超速離心實(shí)驗(yàn)中沉降系數(shù)的分布情況。計(jì)算得到的sc-gC1q分子質(zhì)量為49.9±0.4 kDa與由氨基酸序列計(jì)算的理論分子量47,811 Da有很好的一致性。sc-gC1q2 分子質(zhì)量為94.9 ± 0.6 kDa,大部分為二聚體形式，只有少部分以單體存在。sc-gC1q3分子質(zhì)量51.1±0.5 kDa，也基本以單體存在。實(shí)驗(yàn)條件：對蛋白樣品進(jìn)行透析，緩沖液為50mm磷酸鈉，200mm NaCl，測量前的pH值為7.5。25 ℃下3000 rpm (700g) 離心20 min穩(wěn)定溫度，之后45,000 rpm (156,000g)離心，237 nm吸收光檢測，步進(jìn)0.003 cm，間隔10 min。SEDNTERP計(jì)算溶液粘度和密度，SEDFIT擬合結(jié)果。REFERENCELaue, T., Shah, B., Ridgeway, T., and Pelletier, S. (1992). In Computer aided Interpretation of Sedimentation Data for Proteins, Royal Society of Chemistry, Cambridge, U.KBrown, P. H., and Schuck, P. (2006) Macromolecular size-and-shape distributions by sedimentation velocity analytical ultracentrifugation. Biophys. J. 90, 4651–4661Amphiphilic Diblock Copolymers Bearing Poly(Ethylene Glycol) Block: Hydrodynamic Properties in Organic Solvents and Water Micellar Dispersions, Effect of Hydrophobic Block Chemistry on Dispersion Stability and Cytotoxicity含聚(乙二醇)嵌段的兩親二嵌段共聚物:有機(jī)溶劑和水膠束分散體系中的水動(dòng)力學(xué)性質(zhì)，疏水嵌段化學(xué)對分散穩(wěn)定性和細(xì)胞毒性的影響發(fā)表日期：16 October 2022DOI:https:// doi.org/10.3390/polym14204361摘要：盡管兩親性嵌段共聚物已經(jīng)通過各種方法在普通溶劑和水分散體系中進(jìn)行了詳細(xì)的研究，但它們的流體動(dòng)力學(xué)描述仍不完整。在這篇論文中，作者提出了一個(gè)詳細(xì)關(guān)于六種二嵌段共聚物流體動(dòng)力學(xué)研究的方法，采用動(dòng)態(tài)光散射，粘度法，分析型超速離心法研究了嵌段共聚物在四氫呋喃有機(jī)溶劑和水膠束體系中的分布狀態(tài)。此研究對于生物醫(yī)學(xué)，細(xì)胞毒性研究都有重要意義。目的：利用分析超速離心(AUC)進(jìn)行二嵌段共聚物聚集性與流體動(dòng)力學(xué)研究儀器型號：XL-I，An-60Ti，12mm鋁制中心件，2孔樹脂中心件A：在20°C的四氫呋喃溶液中PS-b-PEG，PMMA-b-PEG, PE-b-PEG的沉降系數(shù)分布圖B：在20°C的四氫呋喃溶液中PBd-b-PEO, PDMS-b-PEO, PCL-b-PEO的沉降系數(shù)分布圖實(shí)驗(yàn)條件：實(shí)驗(yàn)使用貝克曼 ProteomeLab XL-I 分析型超速離心機(jī)，沉降速率法，An-60Ti 4孔轉(zhuǎn)頭，12mm鋁制中心件 (THF solutions), 2孔樹脂中心件(H2O, D2O/H2O)轉(zhuǎn)速設(shè)置范圍為15,000–60,000 rpm, 取決于不同試劑的具體實(shí)驗(yàn)需求。在四氫呋喃溶液中使用最大轉(zhuǎn)速。樣品與Buffer加樣量為420，20°C平衡溫度2h。使用干涉光學(xué)系統(tǒng)進(jìn)行檢測使用 SEDFIT 軟件c(s)模式分析數(shù)據(jù)REFERENCEElistratova, A.A.; Gubarev, A.S.; Lezov, A.A.; Vlasov, P.S.; Solomatina, A.I.; Liao, Y.-C.; Chou, P.-T.; Tunik, S.P.; Chelushkin, P.S.; Tsvetkov, N.V. Amphiphilic Diblock Copolymers Bearing Poly(Ethylene Glycol) Block: Hydrodynamic Properties in Organic Solvents and Water Micellar Dispersions, Effect of Hydrophobic Block Chemistry on Dispersion Stability and Cytotoxicity. Polymers 2022, 14, 4361. https:// doi.org/10.3390/polym14204361

2025-04-21 12:45:20飛行時(shí)間質(zhì)譜儀分析方法有哪些？: 飛行時(shí)間質(zhì)譜儀分析方法飛行時(shí)間質(zhì)譜儀（TOF-MS, Time-of-Flight Mass Spectrometry）是一種高效且精確的分析工具，廣泛應(yīng)用于化學(xué)、生命科學(xué)、環(huán)境監(jiān)測等領(lǐng)域。其主要特點(diǎn)是通過測量離子飛行的時(shí)間來確定其質(zhì)量，具有高分辨率、快速掃描和廣泛的質(zhì)量范圍等優(yōu)勢。本文將詳細(xì)介紹飛行時(shí)間質(zhì)譜儀的分析方法，包括其工作原理、應(yīng)用領(lǐng)域及常見的分析技術(shù)。飛行時(shí)間質(zhì)譜儀的工作原理是基于質(zhì)荷比（m/z）原理。當(dāng)樣品通過電噴霧或激光脫附等方式被離子化后，離子在電場作用下被加速。不同質(zhì)量的離子由于受到的力不同，飛行時(shí)間也會有所差異。通過測量離子從源頭到檢測器的飛行時(shí)間，結(jié)合已知的電場強(qiáng)度和加速電壓，就能計(jì)算出離子的質(zhì)量。這一過程無需分離離子，而是通過時(shí)間差異直接進(jìn)行質(zhì)量分析，從而實(shí)現(xiàn)快速、高效的質(zhì)量鑒定。在TOF-MS分析中，離子源是關(guān)鍵組成部分，常見的離子源有激光解吸電離（LDI）、基質(zhì)輔助激光解吸電離（MALDI）和電噴霧電離（ESI）。MALDI通常用于大分子樣品的分析，如蛋白質(zhì)和聚合物，因?yàn)槠淇梢杂行У乇苊夥肿铀榱选６妵婌F電離則適用于液體樣品，特別是生物樣品中的小分子物質(zhì)。通過選擇適合的離子源，TOF-MS能夠應(yīng)對不同樣品的復(fù)雜性，提供準(zhǔn)確的質(zhì)量信息。飛行時(shí)間質(zhì)譜儀的優(yōu)勢之一是其高分辨率。在傳統(tǒng)的質(zhì)譜儀中，分辨率受限于離子的分析時(shí)間和設(shè)備的精度，而TOF-MS通過大范圍的飛行時(shí)間差異，能夠?qū)崿F(xiàn)極高的質(zhì)量分辨率。這使得它在復(fù)雜樣品的分析中表現(xiàn)尤為突出，如環(huán)境樣品中微量污染物的檢測、藥物代謝產(chǎn)物的分析等。飛行時(shí)間質(zhì)譜儀還具有較高的靈敏度和快速掃描能力。由于離子在飛行管中的速度較高，TOF-MS能夠在短時(shí)間內(nèi)捕捉到大量的質(zhì)譜數(shù)據(jù)，提供豐富的分析信息。尤其在液質(zhì)聯(lián)用（LC-MS）中，飛行時(shí)間質(zhì)譜儀與液相色譜技術(shù)的結(jié)合使得復(fù)雜樣品的分離和定性分析更加高效，能夠?qū)旌衔镏械某煞诌M(jìn)行精確鑒定。 TOF-MS在多個(gè)領(lǐng)域中的應(yīng)用也日益廣泛。在生命科學(xué)領(lǐng)域，它被用于蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)和藥物開發(fā)中，通過精確的質(zhì)量分析為疾病機(jī)制的研究和新藥的開發(fā)提供數(shù)據(jù)支持。在環(huán)境監(jiān)測領(lǐng)域，TOF-MS能夠檢測空氣、水質(zhì)和土壤中的微量污染物，為環(huán)境保護(hù)提供技術(shù)保障。TOF-MS在食品安全檢測、法醫(yī)鑒定等方面也發(fā)揮著重要作用。盡管飛行時(shí)間質(zhì)譜儀具備眾多優(yōu)點(diǎn)，但其分析過程中仍然存在一些挑戰(zhàn)。例如，高精度的儀器需要高昂的投資和維護(hù)成本，而且數(shù)據(jù)分析過程較為復(fù)雜。隨著技術(shù)的不斷發(fā)展，未來TOF-MS的性能有望得到進(jìn)一步提升，同時(shí)在更加多樣化的領(lǐng)域中得到應(yīng)用。飛行時(shí)間質(zhì)譜儀作為一項(xiàng)成熟的分析技術(shù)，憑借其高分辨率、高靈敏度和快速掃描的特點(diǎn)，在多個(gè)學(xué)科領(lǐng)域中展現(xiàn)了廣泛的應(yīng)用前景。隨著技術(shù)的不斷進(jìn)步，它將在更加精細(xì)化的分析任務(wù)中發(fā)揮重要作用，推動(dòng)科學(xué)研究和工業(yè)應(yīng)用的不斷發(fā)展。

2025-04-07 14:15:14免疫系統(tǒng)穩(wěn)度分析方法有什么？: 免疫系統(tǒng)穩(wěn)度分析方法免疫系統(tǒng)穩(wěn)度分析是近年來生物醫(yī)學(xué)研究中的一個(gè)重要課題，它對于理解免疫系統(tǒng)在不同生理與病理狀態(tài)下的表現(xiàn)至關(guān)重要。免疫系統(tǒng)作為人體對抗外界病原的關(guān)鍵防線，其功能的穩(wěn)定性直接影響著個(gè)體的健康狀況。因此，如何通過科學(xué)的分析方法評估免疫系統(tǒng)的穩(wěn)度，已成為現(xiàn)代醫(yī)學(xué)中的研究熱點(diǎn)。本文將深入探討幾種常見的免疫系統(tǒng)穩(wěn)度分析方法，揭示其在臨床實(shí)踐中的應(yīng)用價(jià)值，并為未來的研究提供參考。免疫系統(tǒng)穩(wěn)度的評估離不開對免疫細(xì)胞的定量分析。傳統(tǒng)的免疫學(xué)檢測方法，如流式細(xì)胞術(shù)、酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)（ELISA）等，可以通過檢測免疫細(xì)胞的種類與數(shù)量，判斷免疫系統(tǒng)是否正常。流式細(xì)胞術(shù)通過對不同細(xì)胞表面標(biāo)志物的識別，可以在單細(xì)胞水平上對免疫系統(tǒng)進(jìn)行詳細(xì)分析，從而評估免疫系統(tǒng)的穩(wěn)度。該方法對于檢測白細(xì)胞亞群的變化以及細(xì)胞活性具有重要意義，對于免疫穩(wěn)度的分析提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)支持。免疫系統(tǒng)穩(wěn)度的評估還需要考慮免疫反應(yīng)的動(dòng)態(tài)平衡。免疫反應(yīng)不僅僅是免疫細(xì)胞數(shù)量的變化，還涉及免疫細(xì)胞活性的變化以及免疫分子（如細(xì)胞因子）的分泌水平。在這一點(diǎn)上，基因表達(dá)分析和蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)展現(xiàn)了其重要性。通過高通量測序技術(shù)，研究者可以對免疫細(xì)胞中基因的表達(dá)水平進(jìn)行監(jiān)測，揭示免疫細(xì)胞在不同病理狀態(tài)下的活躍程度。質(zhì)譜分析等技術(shù)可以用于檢測免疫系統(tǒng)中的蛋白質(zhì)標(biāo)志物，從而幫助了解免疫反應(yīng)的具體機(jī)制，為免疫穩(wěn)度的評估提供更加精確的數(shù)據(jù)支持。除此之外，免疫系統(tǒng)穩(wěn)度分析還離不開計(jì)算機(jī)模擬與模型構(gòu)建的幫助。隨著生物信息學(xué)的發(fā)展，研究人員可以通過構(gòu)建免疫系統(tǒng)的數(shù)學(xué)模型來模擬免疫反應(yīng)的過程。這些模型能夠整合免疫系統(tǒng)中的各類數(shù)據(jù)，預(yù)測免疫反應(yīng)的穩(wěn)定性，并為臨床實(shí)踐提供決策支持。免疫系統(tǒng)穩(wěn)度分析的計(jì)算模型不僅能為疾病的早期預(yù)測提供依據(jù)，還能夠?yàn)閭€(gè)體化方案的設(shè)計(jì)提供理論支持。免疫系統(tǒng)的穩(wěn)度分析方法不局限于上述幾種技術(shù)，隨著技術(shù)的不斷發(fā)展，新的分析手段也在不斷涌現(xiàn)。未來，免疫系統(tǒng)穩(wěn)度分析可能會結(jié)合更多的多學(xué)科技術(shù)，如人工智能與機(jī)器學(xué)習(xí)，這將為免疫學(xué)研究提供更為全面和的分析工具。免疫系統(tǒng)穩(wěn)度分析方法在醫(yī)學(xué)研究和臨床應(yīng)用中具有重要意義。從傳統(tǒng)的免疫細(xì)胞分析，到現(xiàn)代的基因表達(dá)與蛋白質(zhì)組學(xué)，再到未來的計(jì)算模型和人工智能應(yīng)用，這些方法的結(jié)合將為免疫系統(tǒng)的深入理解與臨床應(yīng)用提供更廣闊的前景。通過持續(xù)的技術(shù)創(chuàng)新和跨學(xué)科的合作，免疫系統(tǒng)穩(wěn)度分析方法將在疾病預(yù)防、診斷和中發(fā)揮更大的作用。