按照側(cè)鏈，可以將20種常見氨基酸分為亞氨型基酸（Pro）、含醇氨基酸（Ser，Thr）、堿性側(cè)鏈氨基酸（Lys，Arg）、含硫氨基酸（Cys，Met）、芳香族氨基酸（Phe，Tyr，Trp，His）、酰胺或羧基側(cè)鏈氨基酸（Asp，Glu，Asn，Gln）以及脂肪族氨基酸（Ala，Gly，Val，Leu，Ile，）這幾類。

在多肽化學(xué)合成中，合成是否可以成功，氨基酸的保護(hù)起到至關(guān)重要的作用。由于常見的20中氨基酸中大多數(shù)均帶有活性側(cè)鏈，需要被保護(hù)。對(duì)于保護(hù)基而言，通常要求它們?cè)诤铣蛇^程中穩(wěn)定，沒有副反應(yīng)，完成合成以后能夠?qū)⑺鼈兺耆康拿摮?/span>

Thr，Trp，Tyr，Gln，Arg，Ser，Cys，Asp這些均為合成中需要進(jìn)行保護(hù)的氨基酸，而吲哚，咪唑，酰胺基，胍基，巰基，氨基，羥基，羧基等這些則為需要進(jìn)行保護(hù)的基團(tuán)。當(dāng)中Trp也可以不需要保護(hù)，因?yàn)檫胚嵊邢鄬?duì)比較穩(wěn)定的性質(zhì)，在一些特殊的情況下，如Thr，Tyr，Asn，Gln這些氨基酸也可以不需要保護(hù)。

氨基酸側(cè)鏈具有非常多的保護(hù)基團(tuán)，有多種不同的保護(hù)基在同一個(gè)側(cè)鏈上，能夠在不同的條件下選擇性的脫除，這點(diǎn)對(duì)于環(huán)肽以及多肽的修飾的意義很重要。并且側(cè)鏈保護(hù)基密切關(guān)聯(lián)選擇的合成方法，固相和液相不同，在固相中，F(xiàn)MOC與BOC也有不同的策略。在某種意義上，靈活運(yùn)用與搭配氨基酸保護(hù)基，即為多肽化學(xué)。

Boc，F(xiàn)moc，Trt，Dde，Allyl為L(zhǎng)ysZ常見的保護(hù)基，這為環(huán)肽的固相合成提供了很多正交的保護(hù)策略。

Otbu，OBzl，OMe，OAll，OFm為AspZ常見的保護(hù)基，這同樣為環(huán)肽的固相合成提供了很多正交的保護(hù)策略。

Trt，Acm，Mob為Cys三種Z常見的保護(hù)基，二硫鍵多肽的合成可以通過這三個(gè)保護(hù)基來完成。