以瓊脂或瓊脂糖作為支持介質(zhì)的一種電泳方法，稱為瓊脂糖凝膠電泳。通常采用較大孔徑的瓊脂糖凝膠電泳分離如大分子核酸、病毒等分子量較大的樣品。

操作流程

準(zhǔn)備干凈的配膠板和電泳槽

值得注意的是，如果使用了DNA酶污染的儀器，可能會(huì)使得DNA降解，導(dǎo)致條帶信號(hào)弱、模糊甚至缺失。對(duì)于巨大DNA鏈，普通電泳不適合，應(yīng)該使用脈沖凝膠電泳。

選擇合適的電泳方法

瓊脂糖凝膠電泳能夠?qū)σ话愕暮怂徇M(jìn)行檢測。若對(duì)于電泳的分辨率要求非常的高，尤其是差別僅有幾個(gè)bp，應(yīng)該選用聚丙烯酰胺凝膠電泳。若巨大的DNA鏈?zhǔn)褂闷胀?strong>電泳，則有可能造成缺帶。

選擇合適的凝膠濃度

瓊脂糖凝膠電泳濃度一般在0.5～2%之間，小片段核酸使用高濃度的進(jìn)行分析，大片段核酸使用低濃度的進(jìn)行分析。低濃度膠易碎，比較好的解決辦法是瓊脂糖選擇質(zhì)量好的和操作小心。值得注意的是高濃度的膠可能使分子大小相近的DNA帶不易分辨，造成條帶缺失。

選擇合適的緩沖液

TAE和TBE為常用的緩沖液，和TAE相比較，TBE緩沖能力更加的好。電泳時(shí)使用新制的緩沖液能夠使電泳效果得到明顯的提高。注意電泳緩沖液多次使用后，使得離子強(qiáng)度降低，pH值上升，緩沖性能下降，可能使DNA電泳產(chǎn)生條帶模糊和不規(guī)則的DNA帶遷移的現(xiàn)象。

選擇合適的電壓和溫度

電泳時(shí)電泳溫度應(yīng)該低于30℃，電泳時(shí)電場強(qiáng)度應(yīng)該不高于20V/cm，如果是巨大的DNA電泳，那么溫度應(yīng)該低于15℃。若電泳時(shí)有過高的電壓和溫度，那么可能造成條帶模糊和不規(guī)則的DNA帶遷移現(xiàn)象的發(fā)生。尤其是太大的電壓可能造成致小片段跑出膠而出現(xiàn)缺帶。

準(zhǔn)備合適的DNA樣品的純度和狀態(tài)

導(dǎo)致產(chǎn)生條帶模糊和條帶缺失的現(xiàn)象的發(fā)生可能是由于樣品中含鹽量太高和含雜質(zhì)蛋白，乙醇沉淀能夠?qū)⒍嘤嗟柠}去除，蛋白能夠用酚去除。變性的DNA樣品可能造成條帶模糊和缺失，也可能出現(xiàn)不規(guī)則的DNA條帶遷移。在上樣前不要對(duì)DNA樣品加熱，用20mM NaCl緩沖液稀釋可以預(yù)防DNA變性。

正確的DNA的上樣

正確的DNA上樣量能夠確保條帶清晰，DNA上樣量過多可能造成DNA帶型模糊，DNA上樣量過少可能造成帶信號(hào)弱甚至缺失。

選擇合適的Marker

DNA電泳估計(jì)DNA片段大小一定要使用DNA Marker或已知大小的正對(duì)照DNA。Marker應(yīng)該選擇在目標(biāo)片段大小附近ladder較密的，這樣才能對(duì)目標(biāo)片段大小作比較準(zhǔn)確的估計(jì)。Marker的電泳同樣也要與DNA電泳的操作標(biāo)準(zhǔn)相符合。

凝膠的染色和觀察

溴化乙錠（EB）是實(shí)驗(yàn)室常用的核酸染色劑，其具有很好的染色效果，非常方便的操作，然而卻沒有很好的穩(wěn)定性并且具有毒性。觀察凝膠時(shí)應(yīng)該以染料的不同為依據(jù)對(duì)合適的光源和激發(fā)波長進(jìn)行使用。若激發(fā)波長不對(duì)，那么條帶就不容易觀察，會(huì)出現(xiàn)條帶模糊的現(xiàn)象。