研究人員開發(fā)出一種篩選DNA突變的軟件 摘要： 約翰霍普金斯大學(xué)的研究人員設(shè)計(jì)出一種全新的計(jì)算機(jī)軟件，該軟件能同時(shí)對幾百個(gè)基因突變進(jìn)行篩選，并將Z可能導(dǎo)致癌癥的DNA突變篩選出來，該方法被命名為CHASM(Cancer-specific High-throughput Annotation of Somatic Mutations)，將使科學(xué)家將更多的注意力集中到引發(fā)腫瘤的突變上 約翰霍普金斯大學(xué)的研究人員設(shè)計(jì)出一種全新的計(jì)算機(jī)軟件，該軟件能同時(shí)對幾百個(gè)基因突變進(jìn)行篩選，并將Z可能導(dǎo)致癌癥的DNA突變篩選出來，該方法被命名為CHASM(Cancer-specific High-throughput Annotation of Somatic Mutations)，將使科學(xué)家將更多的注意力集中到引發(fā)腫瘤的突變上 該研究報(bào)告發(fā)表在8月15日出版的Cancer Research雜志上 這項(xiàng)新方法著重對錯(cuò)義突變(missense mutations)進(jìn)行研究，課題組S次利用計(jì)算機(jī)方法縮小到600個(gè)左右的疑似腦部腫瘤突變，并分選出那些突變在引發(fā)癌癥過程中起主導(dǎo)(drivers)和隨從(passengers)的突變主導(dǎo)突變即能引發(fā)并促進(jìn)腫瘤生長的突變隨從突變即在腫瘤生長過程中出現(xiàn)但對腫瘤的形成和生長沒有影響的突變 在分選之前，研究人員利用機(jī)器閱讀技術(shù)把癌癥相關(guān)的約50種突變的特征輸入到系統(tǒng)中，然后研究人員Karchin和Carter采用Random Forest classifier的數(shù)學(xué)方法將主導(dǎo)突變和隨從突變分開，在這一步里，每一個(gè)突變都要經(jīng)過500個(gè)計(jì)算決定樹(decision trees)以區(qū)分該突變是否具有引發(fā)癌癥的特征 Z有可能的突變主導(dǎo)突變將被放在名單前列，而將隨從突變置后這樣，研究人員在該軟件的幫助下，就可以更省時(shí)省力的找出引發(fā)癌癥的Z有可能的突變體